Eine Woche lang waren sieben Helfer des Technischen Hilfswerks Mellrichstadt nach dem Hochwasser in Deggendorf im Großeinsatz. Von Freitag, 14. Juni, bis Freitag, 21. Juni, waren die Mellrichstädter THWler zusammen mit den Kollegen aus Marktheidenfeld in der THW-Führungsstelle Sepcon (Separationsanlage Container) eingesetzt, die den Öleinsatz im Gebiet um Deggendorf koordiniert hat. Zwei Helfer waren ebenfalls bis Montagabend in der THW-Einsatzleitung in Deggendorf aktiv und unterstützten dort ihre Kollegen. Nach dem Einsatz in Grimma war dies die zweite Fluthilfe der Mellrichstädter THW-Männer.
Die Fachgruppen Führung und Kommunikation aus Mellrichstadt und Marktheidenfeld, die zusammen die FK Unterfranken bilden, betrieben zusammen die Führungsstelle für die Öl-Separationsanlage im Deggendorfer Stadtteil Marienthal. Die Einsatzkoordination, Personalführung und Logistik zum Betrieb der THW-Sepcon-Anlage sowie die Koordination der Pump-Saug-Tankwagen auf die verschiedenen Einsatzstellen wurde zur Aufgabe der Mellrichstädter und Marktheidenfelder Führungsspezialisten.
Die große THW-eigene Separationsanlage wurde von den Fachgruppen Ölschaden aus Obernburg, Frankfurt am Main und Kelheim aufgebaut und abwechselnd bis zum 20. Juni betrieben. Unterstützt wurden diese durch die Bergungsgruppen aus Marktheidenfeld und Hof. Aufgabe der Anlage war es, das mit Öl kontaminierte Wasser aus den Überschwemmungsgebieten Fischerdorf, Natternberg, Natternberg-Siedlung, Altholz, Niederalteich und Pankhofen aufzunehmen und zu reinigen. Das Öl-Wassergemisch aus den Überschwemmungsgebieten wurde mit bis zu 23 Pump-Saug-Tankwägen gleichzeitig an der Separationsanlage angeliefert, die alle aus der freien Wirtschaft für diese Aufgabe zur Verfügung gestellt beziehungsweise vom THW geordert wurden. An den Einsatzstellen wurden die Tankwagen von den THW- und Feuerwehreinheiten vor Ort unterstützt, die das teilweise schon in Behälter umgepumpte Öl-Wassergemisch aufnahmen und zur Separationsanlage brachten.
In fünf Tanks mit je 50 000 Litern Fassungsvermögen wurde das angelieferte ölverseuchte Wasser entladen und die erste Trennung durchgeführt. Das Öl-Wassergemisch wurde dann in die sogenannte Sepcon gepumpt und hier mit einem Durchsatz von bis zu 40 000 Litern in der Stunde gereinigt. Das gereinigte Wasser war beim Verlassen der Anlage zu 99,9 Prozent frei von Öl und konnte direkt in das Kanalnetz abgegeben werden. Ständige Wasserproben stellten sicher, dass kein Öl in das Kanalnetz gelangte. Das ausgefilterte Öl wurde in einen separaten 30 000-Liter-Tank geleitet und konnte dann entsorgt werden.
Insgesamt über 2,78 Millionen Liter ölverseuchtes Wasser wurden so durch die Anlage geschickt und wieder aufbereitet. Über 300 000 Liter Öl konnten herausgefiltert und entsorgt werden, das sonst die Umwelt geschädigt hätte. Ebenfalls wurden über 200 000 Liter Ölschlamm entsorgt.