Walter, 1963 in Aschaffenburg geboren, studierte Kirchenmusik und Musikerziehung an der Hochschule für katholische Kirchenmusik und Musikerziehung in Regensburg sowie das Hauptfach Orgel an der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Stuttgart. 1992 legte er das Konzertexamen ab. Er ist Veranstalter und Interpret kirchenmusikalischer Konzertreihen in Würzburg (14 Jahre „Orgelwoche“ in St. Adalbero) und Aschaffenburg (Geistliche Abendmusiken in St. Matthäus).
Seit 1989 arbeitet Stefan Walter als hauptamtlicher Kantor an St. Adalbero in Würzburg, 1991 wurde er als Dekanatskirchenmusiker für das Dekanat Würzburg Stadt beauftragt. Er ist seit dem Sommersemester 2000 Lehrbeauftragter an der Universität Würzburg im Fach Orgel. Seit August 2002 ist Stefan Walter als Regionalkantor und Orgelsachverständiger in der Region Würzburg tätig.